針對機房空調系統高可靠性的要求，機房專用空調在結構與控制系統設計和制造以及空調系統組成等方面都必須相應采取一系列措施，例如設置后備機組或后備控制單元，微機控制系統自動對機組運行狀態進行診斷，實時對已經出現或將要出現的故障發出報警，自動用后備機組或后備控制單元切換故障機組或故障單元。眾所周知，機房專用空調的控制系統功能比舒適性空調完善得多。

      控制系統的性能與空調系統技術經濟性能密切相關。不少機房專用空調生產企業專門開發一系列的控制器作為空調系統的組成部分。采用電子控制器或微機控制已經十分普遍，有些企業已經把模糊控制技術應用在計算機房專用空調系統中。
      機房專用空調組均采用先進可靠的微電腦控制系統。控制系統由兩大部件組成，即智能控制器I2-manager和操作顯示器組件Tmaster。控制器提供強大的模擬和數字控制能力，可以滿足廣泛的監測和控制功能，包括實時鐘、RS232/RS485通信接口以及標準的網絡連接。大屏幕液晶多制式顯示器，可顯示地道的中文，更加適合中國用戶需求。操作人員可通過鍵盤/顯示器組件查詢設備運行狀態及各種故障記錄，調整設定參數，保證最高的運行效率。
      控制系統可以控制同一機組內各臺壓縮機分時啟動，降低啟動電流，均衡同一機組內各臺壓縮機的工作時間，防止壓縮機頻繁啟動。多臺機組可互相串聯，互為備份。多臺機組可自動分時啟動，降低啟動電流，均衡不同機組的工作時間。這樣，有利于提高機房專用空調機組的壽命和運行的可靠性。